Este comando detiene todos los Crawls que no estén en estado «Idle»:

Get-SPEnterpriseSearchCrawlContentSource -SearchApplication "Search Service Application" | ForEach-Object { if ($_.CrawlStatus -ne "Idle"){ $_.StopCrawl() } }

Con este comando podemos ver el estado de los Content Source:

Get-SPEnterpriseSearchCrawlContentSource -SearchApplication "Search Service Application" | select Name, CrawlStatus