1. Abrimos la Terminal.
2. Navegamos hasta nuestra carpeta del proyecto (por ejemplo: cd Documents/myApps/MyProject.lproj).
3. Generamos de nuevo los ficheros para que se actualicen con el comando:

ibtool MainStoryboard.storyboard --generate-strings-file NewStrings.strings

4. Este comando genera un fichero .strings en el directorio al que hemos entrado. Lo abrimos, copiamos su contenido y lo pegamos en nuestros ficheros .strings en XCode.

Método alternativo:
Desde XCode, al abrir el Storyboard podemos ver en el panel derecho, dentro de la primera pestaña (File Inspector) la sección «Localization». Aquí tendremos nuestra «Base» y los ficheros del tipo «Localizable Strings». Para actualizar uno de ellos, si cambiamos su tipo de «Localizable Strings» a «Interface Builder Cocoa Touch Storyboard» nos lo convertirá a un fichero .storyboard y, aplicando de nuevo la conversión a «Localizable Strings» nos lo generará actualizado.